In conformità con gli articoli  21-25 del Regolamento (UE) n. 1299/2013, per la gestione e il controllo del Programma sono state designate le seguenti autorità e strutture:

• Autorità di Gestione
• Autorità di Certificazione
• Autorità di Audit
• Autorità nazionale di coordinamento Maltese
• Segretariato Congiunto
• Comitato di Sorveglianza
• Comitato Direttivo